口腔粘膜以其柔软的质地、丰富的血管和少量的唾液分泌，为微生物的繁殖提供了温床，因此容易发生口腔感染。尤其值得关注的是新生儿期的一种常见口腔感染——白色念珠菌感染，人们常称之为鹅口疮。这种感染主要源自母亲的乳头和喂养者的手部污染。虽然这种感染不会对哺乳造成影响，也不会引起明显的疼痛，但口腔粘膜上会出现点状或小白膜，这些小白膜不易被擦拭掉。
当新生儿抵抗力较低时，这种感染可能会扩散到喉咙、食管、气管和肺部，引发严重的并发症。一旦孩子出现鹅口疮的症状，家长应立即带孩子去医院接受专业治疗。预防鹅口疮的措施同样重要。母乳喂养时，保持乳房和乳头的清洁是至关重要的。喂养结束后，可以挤出少量乳汁涂在乳晕部，让其自然干燥，乳汁的抑菌作用可以帮助避免感染。
对于人工喂养的婴儿，每次使用奶瓶和奶嘴前都需要进行彻底的清洗和煮沸消毒。其他哺乳用品，如小毛巾等，也应与分开，每次使用后都需要进行煮沸消毒并晒干。大人在哺乳或接触婴儿前，更要注意洗手，以预防细菌感染。
在新生儿口腔上腭中间和牙龈上，有时会出现黄色小粒子和黄色小结节，这被称为马牙和鼓氏珠。这是由上皮细胞堆积引起的生理现象，不需要用棉签擦拭或用针挑破，通常会在几周内自行消失。
