在季节交替之际，天气干燥容易使儿童的体液流失，造成阴伤津液不足的问题。当婴儿体内的水分不能及时得到补充时，肠道内水分的减少就会成为导致便秘的原因之一。饮食搭配的不合理也是造成婴儿便秘的重要因素之一。对于纯母乳喂养的宝宝来说，如果母乳不足，宝宝就会经常处于半饥饿状态，消化后的残渣减少，导致排便量减少、干燥坚硬，甚至每两到三天才排便一次。这种状况的长期持续会导致婴儿因为营养不良而哭泣，体重增长减缓，腰部和肠道肌肉力量减弱，进而加重便秘的情况。此时应及时补充牛乳或奶粉，在确认没有病症的情况下，宝宝的排便以及体重增长会逐渐恢复正常。
食物成分对于婴儿的排便特性也有着密切的影响。以奶粉喂养的儿童相比母乳喂养更容易出现便秘的情况。这是因为牛奶中的蛋白质opo结构脂在婴儿胃液的作用下容易凝结成块，不易被消化吸收。部分婴儿奶粉中添加的食用油容易与肠道中的钙结合，形成不易溶解的钙肥皂，影响钙的吸收，也会导致排便困难。食物中蛋白质过多、糖不足，或者膳食纤维含量少，都会使排便变得困难。
胃肠功能异常也是导致婴儿便秘的原因之一。不规律的饮食时间、一日三餐的规律性被破坏、肠道蠕动的不规律都会导致便秘的发生。良好的排便习惯没有得到培养，甚至没有排便条件刺激，也会导致肠道肌肉松弛和便秘。全身性疾病如营养不良、佝偻病症状、甲状腺素等也会使肠道肌肉虚弱、腹部肌肉无力或麻木，导致排便不畅。
还有一些先天性的肠胃问题也可能引起婴儿便秘。例如胃喷门松弛肥厚胃幽门狭窄等先天性肠胃畸形，会导致食物经常吐出、食物量减少；肠道狭窄、肛门狭窄、先天性巨结肠等也会引起便秘问题。肛裂由于排便疼痛容易引起便秘，肛周炎症反应或囊肿也会长期影响排便，成为儿童便秘的常见原因。自然环境和生活方式的突然变化以及精神刺激也可能在短期内引起轻重不同的便秘问题。
