对于陈圆圆的结局，一直以来众说纷纭，有说陈圆圆后与吴三桂不和，于是削发为尼。吴三桂反清失败后身死长沙，陈圆圆便自沉于五华山长国寺的莲花池，死后葬于池侧；另一说是，辛酉破城时陈圆圆已病死；还有的说法，陈圆圆死于破城之日，但死法上又存有自缢、绝食而死或投滇池而死数种说法。据王涌坚的研究，陈圆圆是为了不使吴三桂无后而离开吴三桂。吴三桂死后，清军南下，痛恨吴三桂的清朝统治者要灭其九族。“陈圆圆得到消息后，为了吴家能有后代，就带着儿子吴启华（一说吴昌华）、孙子吴仕杰，在吴三桂生前亲信、军师马宝的护送下，逃到贵州的一片原始森林避难。”“为了纪念吴家的恩人马宝，也为避人耳目，避难的地方就叫做马家寨。如今马家寨全寨170余户900余人，全姓吴。这里都自称是吴三桂与陈圆圆的后裔。”
历史上的陈圆圆老死在云南昆明。
陈圆圆（1623―1695），原姓邢，名沅，字圆圆，又字畹芳，幼从养母陈氏，故改姓陈，明末清初江苏武进（今常州）人。居苏州桃花坞，隶籍梨园，为吴中名优，“秦淮八艳”之一。崇祯末年被田畹锁掳，后被转送吴三桂为妾。相传李自成攻破北京后，手下刘宗敏掳走陈圆圆，吴三桂遂引清军入关。在吴三桂所部和清军的联系夹击下，李自成农民军遭受重创，仓皇逃离北京，尽弃所掠辎重、妇女于道。吴三桂在兵火中找到了陈圆圆，军营团圆。此后陈圆圆一直跟随吴三桂辗转征战。吴三桂平定云南后，陈圆圆进入了吴三桂的平西王府，一度“宠冠后宫”。
吴三桂独霸云南后，素有异心，穷奢极欲，构建园林安阜园，“采买吴伶之年十五者，共四十人为一队”（《甲申朝事小纪》)， 歌舞姬众多，“园囿声伎之盛，僭侈逾禁中”，歌舞、房屋规制有僭越的行为，（王澐《漫游纪略》）。陈圆圆因年老色衰，加之与吴三桂正妻不和，且吴三桂另有宠姬数人，于是日渐失宠，遂辞宫入道，“布衣蔬食，礼佛以毕此生”（《天香阁随笔》）。康熙十七年（1678年），吴三桂在衡州（今衡阳市）登基为大周皇帝，国号大周，建都衡阳。建元昭武。同年秋在衡阳病逝，陈圆圆一直呆在昆明礼佛，老死云南。
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吴三桂战败之后，陈圆圆的结局如何，关于这个问题有很多种说法，我们可以都来看一看。其中有一种说法是陈圆圆在吴三桂战败之后就自缢而亡，这一点也在一些史书上有过记载，应该算是大多数人都能接受的一种说法。因为此前陈圆圆得到吴三桂的专宠，现在吴三桂战败，她只能说这样的结局。
一种说法是她并没有死，而是选择了出家，而关于她为何出家也是有好几种说法，一是说清兵攻破云南，她无处可去，于是便逃到寺庙当了尼姑，二是说她其实很早就因为和吴三桂的关系破裂出家了，并非是吴三桂战败之后。不过说起出家这个结局，就会想到，总有很多人会对美人格外的宽容，认为出家才是最好的结局。
其他还有一些说法是说吴三桂战败，陈圆圆被掳走，然后被赏给了平定平西王有功的人，不过我个人认为这种说法是没有什么事实依据的，更多的是一种戏谑罢了。因为按照当时的年纪来看，陈圆圆已经年老色衰了，而且我觉得清廷是不会让她存活的。
不过除开这些说法之外，我个人是认为她自然死的可能性会比较大，毕竟在战乱年代，又有几个女人能够安心地度过她的一生，更何况像陈圆圆这样只能依靠男人的女人。而且他随吴三桂回到云南，面对吴三桂的正妻，她又怎么可能会有很好的日子，所以多年来心力交瘁而亡也不是没有可能。
