崔永元没有指出是谁给封口费。
2017年7月30号崔永元在上海出席公益活动，事后接受采访时自曝，曾经有说客和集团要自己放弃对非转基因食品的调查和言论，封口费是2个亿。
他透露自己现在已经两年没有收入了，但即使饿死也不会答应这件事。
他称“男人要有骨气，饿死也不答应你们。”
2017年7月26日，崔永元发表声明称，将辞去璞谷塘担任的所有职务并退出所有股份，随后接受采访时称自己最近一直收到恐吓信和死亡威胁，发声明就是为了避免朋友受牵连。
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2013年12月，崔永元和“打假大王”方舟子因转基因食品在网上发生论战，且争执持续升级。
2014年3月28日，崔永元两亿天价代言某品牌家具惹争议，崔永元接受媒体采访时表示，确实接了这么一个代言，自己已经把钱捐给了崔永元公益基金会。
2014年7月23日上午9时30分，海淀法院公开开庭审理原告（反诉被告）方是民（笔名方舟子）与被告（反诉原告）崔永元名誉权纠纷一案。
双方均不同意调解，法院宣布休庭再审。事后，崔永元接受媒体采访，称自己不看重这次（庭审）的结果，透露自己就是为了跟方舟子打官司才离开央视的，如果不胜诉还会继续上诉。
2012年06月11日，知名主持人崔永元在其个人腾讯和搜狐微博披露，这期乡村教师培训项目将于2012年8月展开，将培训100名湖南乡村教师，但令人惊讶的是，湖南省教育厅对他们的回复是“不反对、不支持、不参与”。这显然让小崔非常生气。“在此正式评价湖南省教育厅不努力、不作为、不要脸！”他写道。
据公开资料和崔本人的微博介绍，2007年9月，崔永元和中国红十字基金会共同发起成立崔永元公益基金，“乡村教师培训”是该基金的重要项目，自2007年12月14日第一期开始，截至2011年8月，共举办了五期，“甘肃、贵州、四川、湖南、黑龙江等省共约700名乡村教师已接受这个培训”。
崔永元表示，“我们需要湖南省教育厅所做的工作是参加培训的乡村教师的公示，举手之劳”。
截至2012年6月11日晚，湖南省教育厅方面未公开回应此事。
有网友好奇，“这次湖南省教育厅的不支持，请问您除了语言的攻击，能实际做些什么提高官员的作为吗？”崔永元回应，“我不认为是攻击，我认为是对他们公正的评价。多听听这样的评价，他们也许就会想想应该有所作为”。
湖南省教育厅经研究认为，对于民间公益组织开展的公益活动，应由该组织依法依规进行组织，省教育厅作为政府机构，依照自身的职能职责不宜代替民间组织直接发文和参与组织。湖南省教育厅相关工作人员随即向董峰电话传达了这一意见。
对于崔永元在个人微博发表的言论，湖南省教育厅相关负责人表示不理解。该负责人还表示，为支持该公益基金在湖南做好该项工作，已推荐湖南省专门从事中小学教师培训和研究的湖南省中小学教师继续教育研究会与该基金会联系，对他们在湖南的活动给与必要的协助。
自从崔永元宣布弃用新浪微博入驻头条号之后，粉丝数可谓是呈爆炸级指数增长，目前正在向千万级进发。崔老师不负众望，在头条号挥斥方遒，保持着一以贯之的风骨，用激昂的文字痛批一切“黑暗势力”——其中也包括“老仇家”方舟子。那崔永元和方舟子互掐是因为哪件事情？
崔永元当年鼎力反对“转基因技术”的事，
在微博上还是颇有争议的，也招致了许多人反对者的口诛笔伐，其中相对最有名的，就是自称“打假专家”的方舟子。
2014年7月，北京海淀法院正式开庭审理原告方舟子与被告崔永元名誉权纠纷一案。方舟子方称，在2013年9月和崔永元就“转基因食品”的争论上，称崔永元“以数条微博对其人身攻击，涉嫌侮辱诽谤。其中不乏‘骗子’、‘流氓’等词语。”要求崔删除于2013年11月15日到2014年2月的24条微博，公开道歉并赔偿精神损害抚慰金等30余万元。
庭审上，崔永元的代理人则答辩认为并未侵权，表示崔永元和方舟子的微博争论是让公众了解转基因食品，而方舟子在这个问题上“误导公众，微博只是对其观点质疑、批评和驳斥。”“方舟子是恶意诉讼。”
随后，崔永元方提出反诉。崔永元认为方舟子在争论中有130条微博中骂了自己，譬如“造谣成性、诽谤成瘾、谎话谎说的大尾巴狼”、“疯狗”、“伪君子”等语言侮辱谩骂、诽谤，还质疑自己的电影、纪录片以及公益项目。对此，崔永元向方舟子索赔67万，并要求其公开道歉，其中要求其微博置顶道歉不少于一年。
庭审的结果，出人意料。2015年6月25日上午10点左右，北京海淀区人民法院一审宣判。根据判决，方、崔承担同等法律责任，并互向对方赔偿45000元。用网民的话戏称就是“各打五十大板”。尽管两人都没有出现在法庭上，但获悉判决的两人在当天下午都表示，不满法院判决，将提起上诉。之后，两个人的法庭纠纷只能用“不了了之”一笔带过。这个梁子，估计这辈子是解不开了。
最根本的起因，应该是因为崔永元反对转基因，而中国农大作为农科为主的院校，是研究、了解并信任转基因技术的，双方立场不同。
崔永元作为一个国内知名人士，为自己营造了一个一心为民的形象，大力宣传自己“自费去美国考察转基因”并拍摄了所谓的纪录片，靠自己的影响力大肆宣传转基因有害，致使国内大量民众谈转基因色变，广泛转发关于转基因的各种谣言。
农大校长某次公开指出他的本纪录片缺乏科学依据，于是被崔永元强烈回怼。
此后因有农大学生在他微博的回复或私信中与其争辩，或有言辞过激之处，他作为一个几百万粉丝的大V，花了好几个小时将这些农大学生的微博首页逐个截图挂出，导致大量无条件相信崔永元的粉丝到这些学生的微博里进行侮辱、谩骂。其中一个男生因言辞较为激烈，惹怒了崔永元，他通过自己在教育部的关系，由上向下施压，逼农大将其退学，最终是该男生的班主任携其亲自向崔永元道歉，并在微博公开道歉，他才假装大度的表示了原谅。另有一位女生因在他表示谅解的此条微博下评论说他小肚鸡肠，遭到崔永元“亲自”逐条翻看她的微博，抓住某些年轻人常用的玩笑梗，污蔑成性生活放荡，对其公开进行人身攻击。
以前我天真的以为他只是科学素养不够，被国内某些势力当枪使了，但经此一事，让人深刻意识到，他就是一个如此心胸狭隘、睚眦必报的人。那么他一直站在“反转”的最前线冲锋陷阵，又是为了什么？
直到他趁着热度推出了一个专卖高价有机农产品的网店。该网店声称产品都是他亲自考察过产地的，绝对无农药、无化肥、无转基因，一包几斤的小米卖两百多元人民币。没过几个月，该网店被爆出产地全无认证，网店图片是盗图，后逐渐销声匿迹。
顺便我想说一下，中国对转基因作物的审核是比较严格的（严于美国而宽于欧盟），能通过审核的作物都是全球无数科学家呕心沥血的成果，我们完全可以放心种植和食用，而对于尚未通过审核的品种则是在严查，尽最大努力让大家吃到的都是安全的食品。含有转基因成分的食品上市时必须有相应标识，也是为了给大家选择的权利，不喜欢、不相信可以不购买，但请不要盲目转发转基因有害的言论。
中国是人口大国，喂饱所有人是第一要务；如果扩大一下眼界，全球还有很多人是尚未达到温饱的。转基因技术是目前所掌握的所有技术中，真正能够彻底解决人类吃饭问题的那个，它还是已知唯一真正能够治愈某些遗传病的技术，将来还会在更多领域有所应用，不要因为对未知事物的恐惧就直接拒绝它。
毕竟，当年学会了用火的那些猿人，后来进化成了人类；没学会的那些，已经灭绝了。
