呼格吉勒图被判死刑主要是根据嫌疑人身上的疑点进行的推定，并无确凿的证据，法院在没有充足证据支持的情况下，判决呼格吉勒图死刑，并予以立即执行。
内蒙古自治区高级人民法院于1996年6月5日作出（1996）内刑终字第199号刑事裁定，驳回上诉，维持原判，并根据当时有关死刑案件核准程序的规定，核准以故意杀人罪判处呼格吉勒图死刑，剥夺政治权利终身，1996年6月10日呼格吉勒图被执行死刑。
呼格吉勒图案重审判决无罪
该案因呼格吉勒图的父母申诉，内蒙古自治区高级人民法院于2014年11月19日决定启动再审程序，另行组成合议庭并依法进行审理。审理中，合议庭查阅了本案全部卷宗以及相关材料，听取了申诉人、辩护人和检察机关意见，经合议庭评议并提交审判委员会讨论，
作出如下判决撤销本院（1996）内刑终字第199号刑事裁定和呼和浩特市中级人民法院（1996）呼刑初字第37号刑事判决；原审被告。
呼格吉勒图案经内蒙古自治区高级人民法院改判无罪后，有关机关和部门迅速启动追责程序，依法依规对呼格吉勒图错案负有责任的27人进行了追责。
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百度百科-呼格吉勒图
呼格吉勒图案，是指内蒙古呼和浩特市新城区第一毛纺厂职工呼格吉勒图在1996年因涉嫌4·09奸杀案被处决一案，后因出现疑似真凶赵志红，使该案被质疑为冤案，此案从2006年开始重查。2014年11月20日，呼格吉勒图案进入再审程。2014年12月15日，内蒙古自治区高院对再审判决宣告原审被告人呼格吉勒图无罪，2014年12月19日，内蒙古公、检、法等部门启动呼格吉勒图案的追责调查程序。2014年12月25日，呼格吉勒图父母李三仁、尚爱云向内蒙古高院提出了国家赔偿申请。2014年12月30日依法作出国家赔偿决定支付李三仁、尚爱云国家赔偿金共计2059621.40元。
