原版结局一余则成于翠平生离，翠平在家乡生下女儿，苦苦守候，孤独终老。这样的结局对翠平太残忍。余则成可以再婚，翠平就要孤儿寡母的过一辈子？
“疗伤版”结局一
余则成到了台湾与晚秋假结婚，并顺利完成了潜伏任务，做出贡献。改革开放前夕，余则成从台湾转到香港，再从香港转到美国，再从美国回到大陆，是世界各地转了个遍，终于回到祖国怀抱。此时晚秋已经病故，她是微笑着死在余则成怀里的。余则成回来以后找到了翠平母女，一家人终于团聚。
原版结局二余则成去台湾以后为了掩护身份，继续新的潜伏任务，接受了组织上为其安排的新的搭档和妻子，而且这次组织上要求是两人真结婚。余则成发现，这个新的妻子居然是晚秋。网友表示，让余则成娶了晚秋，是对余则成和翠平之间的爱情的极大亵渎。，这样对晚秋也不公平，她不能得到余则成的爱。
“疗伤版”结局二
晚秋在延安接受教育之时，遇到了自己的真爱。为了完成配合余则成潜伏任务，晚秋离开了爱人，来到台湾。她和余则成并不是真结婚，而是假扮夫妻，在他们心中都带着对各自爱人的思念与守候。潜伏任务完成以后，互相已结成战友情谊的两人道别，晚秋回到为大西北解放而奋斗的爱人身边，与之并肩作战；余则成也辗转登上返回大陆航班，飞机上他打开组织上一名成员带来的信件，里面暗示说，翠平的下落找到了，她还平平安安活着。从此，有情人终于团聚！
原版结局三组织的联络员对翠平和余则成太冷漠，缺乏人情味。
联络员来通知翠平没有找到余则成时，冷冷地说“我们来就是通知你，在没找到余则成之前，你不能离开这个镇子！”而余则成在与台湾的联络员见面时，想要打听翠平的下落，联络员也是很不尽人情的回答他“找到了又怎么样，反正你们也不可能在一起了。”网友纷纷抗议说，联络员态度太冷漠了，实在看着让人觉得心寒。
“疗伤版”结局三
联络员耐心安抚翠平，告诉她，组织上会尽力查找余则成的下落，一旦查找到就会前来告知，让她放心。翠平带着希望，奋力投入新的事业之中。
原版结局四余则成拿到了“黄雀行动”潜伏特务的真实名单，却在撤离前被老奸巨猾的吴站长强行带到机场，前往台湾。在机场的那一刻，翠平和余则成竟然又巧遇。一对爱人在生死重逢的时刻，近在咫尺却不能相认。很多网友表示，看到这一幕，不禁为两人掉下泪水。
“疗伤版”结局四
余则成完成组织交代的任务就顺利撤退，神龙见首不见尾，从此江湖上流传着“峨眉峰”智斗军统的传奇故事。解放后，翠平也找到了组织，结束了隐姓埋名为人家当佣人的生活。余则成和翠平重逢团圆，一起归隐山间，过起男耕女织、夫唱妇随的日子。不久，翠平生下了两人的女儿，一家人幸福地生活在一起。
剧中余则成跟翠平因为组织安排假装夫妻，在对敌斗争中，建立了深厚的感情，两人还真的结了婚。可是最终的结果却是，组织上又下达了新的潜伏任务，已经身在台湾的余则成需要跟新的同志组成家庭来掩护身份，而组织上给他指派的“妻子”竟然是在自己的引导下投身革命的晚秋。而翠平则在家乡生下女儿，苦苦守候，孤独终老。
最终的大结局选择以余则成的两行清泪收尾。
小说结局余则成被站长派到了其它地方执行任务，事情紧急，想让翠平拿着重要情报送到联络点内，临走时翠平对他说“跟你在一起住了两年，我已经没法再回去嫁人了，你一定要回来！”之后两人就此分别，因为余则成知道自己也给不了翠平幸福，自己也不能保证能活着回来，之后两人再也没有对方的音讯。
数十年之后，余则成军统特务的身份终于被摘除，当天在家里做了一桌好菜请龙一去吃饭，并且向他讲述了当年的一些事迹，龙一问道翠平后来怎么样了呢？余则成称自己五十年代的时候还去找过翠平，却没有任何消息，至于情报有没有送出，余则成表示当天翠平和老马其实都失踪了，龙一在想是不是说翠平已经嫁给别人了。
余则成却说不会的，一定是她送完情报后被老马追踪了，抓捕时她拉响了手雷，那只手雷威力极大，足以让三五个人消失得无影无踪。
作者简介
龙一，本名李鹏。河北盐山人。1984年毕业于南开大学汉语言文学专业。1986年调天津市作家协会至今，现为天津市作协文学院专业作家。1998年开始发表作品。2004年加入中国作家协会。文学创作一级。曾长期从事中国古代生活史与近代城市史研究。
著有长篇小说《另类英雄》、《纵欲时代》和《感性时代》，中篇小说集《我只是一个马球手》以及中短篇小说和小说理论文章数十篇。另有历史著作《后宫艳事》与《租界中的老公馆》等。中篇小说《没有英雄的日子》获2003年中国作家大红鹰文学奖。短篇小说《屋顶上的男孩》获《上海文学》短篇小说奖。他的短篇小说《潜伏》改编成30集同名电视连续剧。
余则成和穆晚秋结局假扮成夫妻在一起。
余则成原本和左蓝是一对，但后来左蓝死了，然后余则成和翠平在执行任务的时候也是假扮成夫妻，他们俩在相处的过程中逐渐产生感情，然后走到了一起，翠平还给余则成生了一个女儿，但两个人却没能相守。
翠平回到根据地，他以为余则成也会回来，但翠平却没有等到余则成，因为余则成接到了新的任务，他去了台湾，在那里组织将晚秋派给他做搭档，为了掩人耳目，他们需要假扮成夫妻，电视剧到这里就结束了。
余则成真正爱的人
《潜伏》大结局时，余则成和穆晚秋穿着家居服，把结婚照挂在墙上。余则成盯着墙上的结婚照，眼睛里蓄满了眼泪。
左蓝没有出现在他的回忆里，反而翠萍的身影不受控制地浮现在他脑海里，他想起了他和翠萍的结婚证，还有曾经的点点滴滴。余则成的眼泪，忍不住落了下来。他怀念曾经那段惊心动魄又安稳快乐的日子。
从余则成看他和晚秋结婚照的神情，就知道余则成最爱的人不是左蓝和晚秋，而是那个性格大大咧咧、目不识丁的农村女人翠萍。
余则成不知道翠萍怀孕，也不知道翠萍抱着孩子在山上等着他回来。不过他知道，他的任务还在继续。他能活到什么时候，还是未知数。既然穆晚秋喜欢他，不如遂了她的心愿。如果穆晚秋和他在一起能开心，他希望少一个人难过。至于他心里住着谁，就让它成为一个秘密。
