新生儿免疫系统的脆弱，使得他们容易受到感染，尤其是肠道感染。新生儿出生后，需要适应从无菌的子宫环境到充满细菌和病毒的环境，这让他们更容易受到细菌和病毒的侵袭。刚出生几天的新生儿在医院婴儿室喂入奶水后，可能会出现腹泻甚至发烧的状况。有些新生儿看似健康，但出院后因为饮食调整如添加牛奶而出现拉肚子的情况，这是因为新生儿的消化系统和免疫系统尚未完全适应新的食物和环境。
新生儿拉肚子背后的原因，主要是肠道免疫能力低下，无法有效对抗和中和细菌的毒力。当新生儿受到感染时，无论是细菌、病毒还是真菌，都有可能导致腹泻。这些病原体可能通过多个途径感染新生儿，如分娩时通过母体阴道、污染的奶水或奶瓶等。即使在家中卫生条件良好的环境下，如果母亲和照顾者不注意卫生，也可能成为病菌的携带者。
新生儿患感染性腹泻时，症状因感染的病原体不同而有所差异。轻症患儿可能仅表现出胃肠道症状，如每日拉稀5-6次甚至更多，同时伴随低烧、食欲不振、呕吐、精神萎靡等。严重的情况下，大便可能呈现稀水样，次数增加至10-20次，伴随高烧、呕吐、尿少、嗜睡等症状。家长需要密切观察新生儿的状态，如手足发凉、皮肤发花、呼吸深长、口唇樱桃红色等，若出现反应差、口鼻周围发绀、眼窝凹陷等情况，应立即就医进行输液抢救。
针对某些特定类型的腹泻，如大便次数增多、黄色蛋花汤样并伴有血丝和粘液，且有腥臭味，这类腹泻大多是由致病性大肠杆菌引起，是新生儿时期较为常见的腹泻类型。处理此类腹泻，除了使用消炎药如黄连素外，还需使用消化药和口服补液盐来补充水分。一般情况下，服药4-5天后即可痊愈。
