婚后幸福生活
小燕子虽然已与永琪完婚，依旧是笑话常闹，祸事不断的“开心果”。尔康和紫薇已结婚并有一子。
南巡一路波折
在随皇阿玛“南巡”途中，山东正闹饥荒，小燕子一激动，将随身携带的食物全部给了灾民，乾隆也只好忍饥挨饿。山东地方官为了讨好乾隆，用山珍海味款待，小燕子、永琪、尔康、紫薇联想到灾民惨状，忍不住大闹酒席，乾隆也被他们的正义行为所感动。
“南巡”路上，紫薇和尔康恩恩爱爱，永琪和小燕子快快乐乐，只有晴儿和萧剑陷入相爱却不能相聚的痛苦之中，小燕子对哥哥的痛苦看在眼里，挂在心中。到了杭州，她与永琪、紫薇、尔康商量好，偷偷安排了一条船，掩护晴儿与萧剑相会，卫兵误以为刺客，欲登船擒拿，小燕子等人仓卒出手，打斗惊动了皇上和皇太后，也暴露了晴儿与萧剑的恋情，受到了太后的斥责。
此时乾隆无心关注儿女之事，因为他的心已被青楼美女夏盈盈所迷，并宣称要封夏盈盈作妃子。此事惊动了太后和皇后，皇后为保全皇帝的声誉，呈血书恳切力谏，乾隆大怒，将皇后遣回京城。皇后几年来洗心革面修复的夫妻之情倾刻化为乌有，最终只能面对“削发为尼”的结局。
其实在南巡路上，大家还认识了海宁陈邦直的小女儿知画，太后看她温柔娴雅，又多才多艺，决定把她带回京城，而知画和她的父母竟然毫不犹豫地答应了。晴儿看到知画来到太后身边，颇得太后欢心，决定和萧剑远走高飞。尔康又假传圣旨，用金牌令箭放走了他们，乾隆大发雷霆，无奈之下，萧剑和晴儿这对苦命鸳鸯又赶了回来。
小燕子身世被识，永琪被迫再娶
回到京城，太后查清了小燕子兄妹的身世，为防不测，将萧剑囚禁起来，在营救过程中，小燕子知道了杀父仇人竟然是最亲近的皇阿玛。从此，她对永琪的爱渐渐冷却，对乾隆的恨渐渐加深……为了保守秘密，太后提条件让永琪娶知画，婚礼当天就会放了萧剑，小燕子为了救哥哥，只好忍痛割爱，无奈之下，永琪和知画完成了婚礼。他们成亲以后，小燕子与知画的冲突不断，知画为了得到永琪，也打算与小燕子展开一场战争。
边疆战火燃起
边疆的战火燃起，死里逃生的永琪与尔康率大军挥师南下，反击缅甸军队的进犯，清军虽然大胜而归，也带回了战死沙场的尔康的尸体，紫薇悲痛欲绝，为了与在天国的爱人相会，紫薇跳下了幽幽谷，谷底突然飞出成千上万的蝴蝶，组成彩色的云团托起紫薇，迷幻中有人告诉她尔康没有死。而就在大家沉浸在悲痛之时，知画产下一子，取名绵亿，这使小燕子的醋意更加浓密。
尔康真的没有死，缅甸王猛白的八公主在刀光剑影中爱上了尔康，乘尔康受伤将其抢回行宫用“调包”的假象蒙骗了永琪，也蒙骗了紫薇，因受伤而意识模糊的尔康错把公主当成紫薇，深陷敌国且被迫成亲。
萧剑知道此事后来到北京，告诉紫薇真相，虽然没有把握，紫薇却深信这是真的。大家面见乾隆，言谈之间却把乾隆与小燕子有仇的真相揭开了，小燕子因为仇恨而失去理智，她拔下永琪的剑刺向乾隆，永琪奋力抢救，中剑的永琪却倒在血泊之中。痛定思痛，小燕子心中的仇恨之火终于被永琪、紫薇的真爱之泉所浇灭。
找回尔康
紫薇决定南下寻夫，永琪为了小燕子也决定放弃王位，离开皇宫，乾隆不但成全了他们，也成全了萧剑和晴儿这对苦苦的恋人。离开时，知画抱着绵亿追着永琪，小燕子也终于知道知画对永琪的感情，可是马车头也不回地走了。
一行五人历经千辛万苦，终于在异国他乡与尔康相聚，各诉衷肠。
团圆
星移斗转，隐居在大理的永琪和小燕子早已儿女满堂，一天两位不速之客突然光临，永琪小燕子一见，大吃一惊，竟然是日思夜想的皇阿玛和尔康。
萧剑和晴儿带着儿女赶来相聚，三代人欢聚一堂，阵阵笑声久久回荡在天上人间。
福尔康、永琪和班杰明的劫囚行动，乾隆发动侍卫围捕小燕子等人。在箫剑的领导下，小燕子等人一起亡命天涯。紫薇在逃亡中，摔下马车,头部因受重创而失明。历经千辛万苦大家终于重逢。尔康在与杀手搏斗时受重伤，紫薇因尔康受伤眼睛奇迹般复明。箫剑带着小燕子永琪班杰明到牧场务工，因与恶霸冲突引来了追兵，众人只好继续往南阳逃亡。永琪难忍箫剑对小燕子的用心,心中妒忌，与箫剑大打出手,迫使箫剑终于和小燕子相认。小燕子等人在南阳开了一家十全十美面馆。乾隆亲自到南阳欲迎接他们回宫，却爆乾隆是小燕子的杀父仇人事端，乾隆特派专人调查理清误会。永琪因受愉妃召唤不得不与乾隆回宫，但小燕子却和箫剑、班杰明回到大理。小燕子苦苦守着与永琪的两年约定，班杰明同样苦守着寂寞的小燕子，直到永琪和小燕子重逢的那一天，班杰明留下祝福，默默地离开。
有现实原因，也有紫薇心底更将就的打算，因为一直以来紫薇都是慎重守规的性格。
一、家中老小需要紫薇照顾，她已经不能像姑娘家般任性了。，从尔康和小燕子的谈话中可以得知，紫薇已经是三个孩子的母亲了，尔康的父母也老了，作为福晋的紫薇必定要操劳一家的琐碎事，这已经够她忙活了。，紫薇是一位非常尽责的母亲，《还珠格格3》中的东儿身体稍有不适都会让她整夜合不上眼，如果让她抛下三个孩子，随尔康去看小燕子，她很难会同意吧；除非将三个孩子都给带上，舟车劳顿，紫薇一定又会担心孩子健康，思来想去，作为母亲的紫薇最好的选择还是留在家中了。，紫薇和小燕子相见是私事，照料一大家子却是她的责任，担责、不让他人为难的性情不就是她吗？
二、剧中乾隆去见小燕子是半途改道的，紫薇可能根本不知道。熟悉《还珠格格3》剧情的观众都知道，自从永琪“宁要美人，不要江山”，带着小燕子离开之后，乾隆心中不免怀有怨恨和责备。在乾隆一次南巡时，目的地是杭州，因为乾隆实在想念“不孝子们”，才命令尔康偷偷带他去大理见永琪和小燕子。去见小燕子是乾隆的一时兴起，紫薇再知心也不可能揣测到乾隆的心思吧。所以，当紫薇得知乾隆还要进行一次南巡时，她大概以为此行会一切如常，而且父亲周边有很多人照顾着，自己也没有必要同行了。
三、紫薇更希望和小燕子相忘于江湖，相见不如怀念。紫薇和小燕子是完全不一样的人，紫薇是温柔的化身，小燕子是活泼的代表，她们在一起是极端互补。这么多年过去了，曾经的回忆也仅随着时光渐渐消散，紫薇如果真的和小燕子见面，那种深厚的姐妹情还能如从前般显现吗？而且她们近乎没有任何共同语言，坐在一起能聊什么呢？思考至此，紫薇那颗七窍玲珑心或许已经下定决心不与小燕子见面了，让最美好的感情永远珍藏在两个人心底。
四、琼瑶不愿意写她们相见的画面。琼瑶在创作《还珠格格3》时更多的带着一种临近结尾时的伤感，在她心里，紫薇和小燕子不是纸片人，是有血有肉的“生命”，她舍不得让一切结束，所以不写她们相见。紫薇和小燕子没有在大结局相见，是不是不可以认为她们的故事依旧没有结束呢？虽然给观众留下遗憾，但还残留下了一丝期盼，似乎在文字没有书写的未来，她们终会再相见。
