先天性短食管的自然发展路径因其多样性和独特性引人关注。大致上，这类疾病可分为两类情况：一种情况是部分患儿并无明显临床表现，他们像普通孩子一样生活，仅在偶然的检查中才被诊断出患有短食管。另一种情况则相对复杂，这些孩子会表现出不同程度的临床症状，如反流、呕吐、窒息感、消化道出血以及呼吸道感染等。尤其对于婴儿来说，由于贲门功能尚未完全发育，偶尔的呕吐是正常现象。但如果持续超过四个月仍然频繁呕吐，那么就需要引起家长和医生的重视，这很可能是病理性原因造成的。这类病症的呕吐在婴儿平躺时尤为明显，剧烈的呕吐会导致液体和热量摄入不足，从而影响孩子的体重和正常发育。更严重时，可能引发反流性食管炎。食管内膜受到侵蚀，出现溃疡，呕吐物中可能带有血丝。孩子的粪便也可能呈现黑色或沥青状。孩子在进食时的哭泣行为可能是由于反流性食管炎引起的吞咽疼痛所致。由于婴儿的生理结构特殊，他们无法依靠重力来排空胃内容。当他们平躺睡觉时，极易发生胃反流。而且，由于胸部短食管的压迫以及肺部位置的影响，孩子们在胸部位置后可能会出现自主调节食管狭窄的情况，同时伴随着呼吸道咳嗽和支气管内的不适症状。
