引起腺性膀胱炎的原因主要有以下4种学说。
1、感染或结石等的长期刺激。膀胱内的移行上皮，即膀胱黏膜受到细菌的感染或结石和异物的刺激，以及在残余尿液中某些物质的长期刺激下，膀胱黏膜上皮化生，基层细胞呈灶状增生，并延伸至固有膜，形成实性上皮细胞巢样的腺样结构，这种膀胱炎症即称为腺性膀胱炎；上皮细胞不断分泌黏液，并形成含有黏液的囊腔，这种膀胱炎被称为腺型囊性膀胱炎。
2、由胚胎器官发育形成。部分内胚层的肠上皮细胞残留在膀胱中可发育形成移行上皮下结缔组织内的肠上皮样腺体。从胚胎学上考虑，膀胱与直肠共同起源于原始泄殖腔，腺性膀胱炎的膀胱内腺体在形态学上与正常肠腺很相似，这些腺体可能是胚胎剩余发展而成。
3、与人类乳头瘤病毒（HPV）感染有关。腺性膀胱炎具有乳头状和滤泡状增生、上皮细胞内空泡样病变等特点，这些特征与人类乳头瘤病毒感染的病理特征相似，特别是上皮细胞内空泡样变，被认为是人类乳头瘤病毒感染的特征性病理征。
4、其他。还有个别报道认为腺性膀胱炎与维生素缺乏、变态反应、有毒代谢产物、激素失衡和特殊致癌物等有关。
