流感嗜血杆菌，根据其独特的生化反应，被划分为六种生物型：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ及Ⅵ型。其中，致病力较强的主要为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ类型。这些细菌根据其荚膜多糖的抗原特性，又可细分为a、b、c、d、e和f六个血清型。在所有的血清型中，b型的致病性最为强烈，其次是e型和f型。除此之外，根据细菌的外膜蛋白（OMP）也能进行分型。
值得注意的是，带有荚膜的流感嗜血杆菌较无荚膜的菌株更具致病性。一种特定的细菌——荚膜乙型流感嗜血杆菌（简称HiB），因其毒性而广为人知。关于流感嗜血杆菌的致病机制，我们的了解尚不完全。
这些细菌的荚膜在它们感染过程中起到了重要作用。荚膜能够帮助细菌抵抗免疫系统的吞噬作用，同时避免触发补体介导的裂解。相较之下，那些没有荚膜的菌株虽然侵袭性较小，但它们依然能够引发诸如厌炎等炎症性疾病。
无荚膜的流感嗜血杆菌更多地导致继发性感染。这类感染常常在流行性感冒、麻疹、百日咳和支气管炎等疾病的基础上发生。感染后，人体会产生抗荚膜特异性抗体，从而获得保护性免疫力。这一系列的生化反应和免疫反应，构成了流感嗜血杆菌感染的核心机制，也为我们提供了理解这一疾病的重要线索。
